黃金太陽2失落的時代劇情發生在金星燈塔被點燃後，地元素使加西亞、火元素使加斯敏、風元素使西芭、學者斯庫雷塔，與艾利克斯被海嘯帶到遠方的大陸。
原來加西亞在一代協助點燈臺的原因，是為了拯救三年前的事件中獲救卻被俘虜的父母。艾利克斯離開了眾人，其余的人一同行動。 在旅行途中他們還認識了來自古代文明之都雷姆利亞的水元素使皮卡德，得知道世界因為沒有煉金術的能源而漸漸縮小，只有點燃燈塔，解放煉金術的封印，世界才可以重新得到能源，不會繼續縮小。 雖然在煉金術解放後，有可能如賢者所言，因為人們得到了力量而可能令世界毀滅；但就這樣按兵不動世界一定消失，於是後期的主角們是為了拯救世界而繼續冒險，點燃燈塔。
