和四代不同，五代的世界觀雖然也是構成在水晶上的世界，不過每塊水晶都被分成了兩部分，世界也被分為兩個次元。故事講述的是一日，一個突然飛來的隕石落到了地上，隕石的能量造成了支撐世界的水晶變異。主角巴茲和他的同伴們受了水晶之光的引導踏上了拯救世界的旅途。但是，為了毀滅一切的艾克斯迪斯卻搶先將水晶全部破壞……